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Java版かWin版か

これからの基本はJava版
少なくとも，2002年時点での雰囲気としては, 「これからの基本はJava版」です。
これは, GCに限ったことではなく, 多くの教育用ソフトについて言えるはずのことでしょう。
なぜか。学校のコンピュータは勝手に簡単にソフトをインストールすることはできないからです。
逆に, もしそれが簡単にできるようなコンピュータだとしたら, 1ケ月もしないうちに, いろいろな人が使って使い物にならない状態になるでしょう。
Javaで作られたソフトならば, ネットワークに接続されていて, 一定の設定さえしてあれば, どのコンピュータでもそれを使うことができます。
たとえば, 「これ」を使ってみてください。それが満足いく程度に使えるならば, Java版を使うのが「正解」だと思います。

オフラインで作図し保存したいならWin版
Java版は基本的にネット経由での利用かCD等での利用になります。特に，データの保存に関しては制約があります。ですから,教材研究などを自宅で行いたいというような場合には, 適していません。そういうケースでは, Win版をインストールしましょう。
また, Java版の方がWin版よりも動作が遅いです。最近のPCならばほとんど問題ないですが, 少し古い機器で, Java版の動作が気になるようであれば, Win版にすると多少快適になるかと思います。

とっても古い機器を活用したいならDOS版
Win版以上が使えるのは, Windows95以降のOSがインストールされている機器です。
もし, それ以前の機器を使いたいという場合, たとえば, PC-98, FM-TOWNS など, いわゆる MS-DOS 上で使いたいという場合には, GCのDOS版を使ってください。ほとんどのデータはそのまま使えるはずです。